Мацейна прочно вступает на путь философии. Но идти по этому пути и его завершить ему было суждено уже не на родине. В 1944 году А. Мацейна покидает родину, на этот раз уже навсегда. Вынужденную эмиграцию Мацейна расценивал как насильственную ссылку, себя называя ссыльным. «А как же иначе мы назовем человека, которого насильно лишили Родины, если не ссыльным... Ссыльными должны называться все те, кто был вытолкнут из своей страны -- необязательно насильно физическим способом, как, скажем, А.Солженицын, но насильно моральным, все те, кто не вынес нового общественного строя...» («Личность и история», 1981). Можно как угодно расценивать этот шаг А. Мацейны, но не следует забывать про тысячи и тысячи ссыльных, дороги которых шли не только на Запад, но и на Восток -- в Сибирь, в лагеря Коми и др. Именно эта последняя дорога и была суждена другому известнейшему философу, нашедшему вторую родину на литовской земле и разделившему участь многих её детей, -- -- русскому философу Л. Карсавину

Сложен и многотруден путь эмигранта. А. Мацейне пришлось пережить немало испытаний прежде чем он окончательно утвердился на чужой земле. Однако свойственная ему устремленность к цели, неиссякаемое трудолюбие, нескончаемая работа мысли не позволяли ему предаваться унынию. Он постоянно работал, много писал, вновь углубился в проблемы фундаментальной и догматической теологии. И только в 1956 году он возвратился к педагогической работе, начав преподавать во Фрейбургском университете (Германия) русскую философию и духовную историю Восточной Европы. Во Фрейбургском университете он преподает по 1959 год, а затем на правах приглашенного профессора обосновывается в Мюнстерском университете, где в 1961 году его назначают ученым советником и присваивают звание профессора пожизненно. В Мюнстерском университете А. Мацейна ведет курсы русской и советской философии, а с 1962 года начинает преподавать философию религии. В 1970 году А. Мацейна по состоянию здоровья вынужден уйти на пенсию, но даже и явно подточенное здоровье (в 1967 году он перенес инфаркт) не мешает ему и в последующие ещё оставшиеся ему семнадцать лет жизни активно заниматься философией. Умер А. Мацейна в тот же день января, что и родился -- 27 января 1987 года, так и не дождавшись того часа, когда Литва вновь обрела не раз теряемую независимость.